Setiap naskah yang masuk ke El-Ubaid melewati proses seleksi dan penelaahan sebelum diterbitkan. Tahapan yang dilalui sebagai berikut.

Naskah pertama diperiksa oleh editor untuk menilai kesesuaian dengan fokus dan ruang lingkup jurnal serta pemenuhan pedoman penulisan. Naskah yang lolos pemeriksaan awal dilanjutkan ke tahap penelaahan.

Penelaahan dilakukan dengan sistem double-blind peer review, yaitu identitas penulis dan penelaah saling dirahasiakan. Setiap naskah ditelaah oleh sekurang-kurangnya dua orang mitra bestari.

Keputusan akhir atas naskah ditentukan oleh editor berdasarkan rekomendasi mitra bestari, dengan kemungkinan keputusan berupa diterima tanpa revisi, diterima dengan revisi, atau ditolak.